Mémoire & journalisation

Module M3

Dalibo SCOP

24.09

29 août 2024

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Formation	Module M3
Titre	Mémoire & journalisation
Révision	24.09
PDF	https://dali.bo/m3_pdf
EPUB	https://dali.bo/m3_epub
HTML	https://dali.bo/m3_html
Slides	https://dali.bo/m3_slides
TP	https://dali.bo/m3_tp
TP (solutions)	https://dali.bo/m3_solutions

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Au‑delà du contenu technique en lui‑même, notre intention est de transmettre les valeurs qui animent et unissent les développeurs de PostgreSQL depuis toujours : partage, ouverture, transparence, créativité, dynamisme… Le but premier de nos formations est de vous aider à mieux exploiter toute la puissance de PostgreSQL mais nous espérons également qu’elles vous inciteront à devenir un membre actif de la communauté en partageant à votre tour le savoir‑faire que vous aurez acquis avec nous.

Nous mettons un point d’honneur à maintenir nos manuels à jour, avec des informations précises et des exemples détaillés. Toutefois malgré nos efforts et nos multiples relectures, il est probable que ce document contienne des oublis, des coquilles, des imprécisions ou des erreurs. Si vous constatez un souci, n’hésitez pas à le signaler via l’adresse formation@dalibo.com !

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Versions de PostgreSQL couvertes

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Mémoire et journalisation dans PostgreSQL

PostgreSQL

La mémoire & PostgreSQL :

Mémoire partagée
Mémoire des processus
Les shared buffers & la gestion du cache
La journalisation

Rappel de l’architecture de PostgreSQL

Mémoire partagée

L’implémentation dépend de l’OS
Quelles zones ?
Quelle taille ?

Zones de la mémoire partagée

shared_buffers
- cache disque des fichiers de données
wal_buffers
- cache disque des journaux de transactions
max_connections
- 100… ou plus ?
track_activity_query_size
- à monter
verrous
- max_connections, max_locks_per_transaction
etc
Modification → redémarrage

Les principales zones de mémoire partagées décrites ici sont fixes, et les tailles calculées en fonction de paramètres. Nous verrons en détail l’utilité de certaines de ces zones dans les chapitres suivants.

Shared buffers :

Les shared buffers sont le cache des fichiers de données présents sur le disque. Ils représentent de loin la volumétrie la plus importante.

Paramètre associé : shared_buffers (à adapter systématiquement)

Wal buffers :

Les wal buffers sont le cache des journaux de transaction.

Paramètre associé : wal_buffers (rarement modifié)

Données liées aux sessions :

Cet espace mémoire sert à gérer les sessions ouvertes, celles des utilisateurs, mais aussi celles ouvertes par de nombreux processus internes.

Principaux paramètres associés :

max_connections, soit le nombre de connexions simultanées possibles (défaut : 100, souvent suffisant mais à adapter) ;
track_activity_query_size (défaut : 1024 ; souvent monté à 10 000 s’il y a des requêtes de grande taille) ;

Verrous :

La gestion des verrous est décrite dans un autre module. Lors des mises à jour ou suppressions dans les tables, les verrous sur les lignes sont généralement stockés dans les lignes mêmes ; mais de nombreux autres verrous sont stockés en mémoire partagée. Les paramètres associés pour le dimensionnement sont surtout :

max_connections à nouveau ;
max_locks_per_transaction, soit le nombre de verrous possible pour une transaction (défaut : 64, généralement suffisant) ;
max_pred_locks_per_relation, nombre de verrous possible pour une table si le niveau d’isolation « sérialisation » est choisi ;
mais encore les paramètres liés aux nombres de divers processus internes, ou de transactions préparées.

Modification :

Toute modification des paramètres régissant la mémoire partagée imposent un redémarrage de l’instance.

Taille de la mémoire partagée

-- v15+
SHOW shared_memory_size ;
SHOW shared_memory_size_in_huge_pages ;

À partir de la version 15, le paramètre shared_memory_size permet de connaître la taille complète de mémoire partagée allouée (un peu supérieure à shared_buffers en pratique). Dans le cadre de l’utilisation des Huge Pages, il est possible de consulter le paramètre shared_memory_size_in_huge_pages pour connaître le nombre de pages mémoires nécessaires (mais on ne peut savoir ici si elles sont utilisées) :

postgres=# \dconfig shared*
               Liste des paramètres de configuration
            Paramètre             |             Valeur              
----------------------------------+---------------------------------
 shared_buffers                   | 12GB
 shared_memory_size               | 12835MB
 shared_memory_size_in_huge_pages | 6418
 ...

Des zones de mémoire partagée non statiques peuvent exister : par exemple, à l’exécution d’une requête parallélisée, les processus impliqués utilisent de la mémoire partagée dynamique. Depuis PostgreSQL 14, une partie peut être pré-allouée avec le paramètre min_dynamic_shared_memory (0 par défaut).

Mémoire par processus

work_mem
- × hash_mem_multiplier (v 13)
maintenance_work_mem
- autovacuum_work_mem
temp_buffers
Pas de limite stricte à la consommation mémoire d’une session !
- ni à la consommation totale
Augmenter prudemment & superviser

Les processus de PostgreSQL ont accès à la mémoire partagée, définie principalement par shared_buffers, mais ils ont aussi leur mémoire propre. Cette mémoire n’est utilisable que par le processus l’ayant allouée.

Le paramètre le plus important est work_mem, qui définit la taille maximale de la mémoire de travail d’un ORDER BY, de certaines jointures, pour la déduplication… que peut utiliser un processus sur un nœud de requête, principalement lors d’opérations de tri ou regroupement.
Autre paramètre capital, maintenance_work_mem qui est la mémoire utilisable pour les opérations de maintenance lourdes : VACUUM, CREATE INDEX, REINDEX, ajouts de clé étrangère…

Cette mémoire liée au processus est rendue immédiatement après la fin de l’ordre concerné.

Il existe aussi logical_decoding_work_mem (défaut : 64 Mo), utilisable pour chacun des flux de réplication logique (s’il y en a, ils sont rarement nombreux).

Opérations de maintenance & maintenance_work_mem :

maintenance_work_mem peut être monté à 256 Mo à 1 Go sur les machines récentes, car il concerne des opérations lourdes. Leurs consommations de RAM s’additionnent, mais en pratique ces opérations sont rarement exécutées plusieurs fois simultanément.

Monter au-delà de 1 Go n’a d’intérêt que pour la création ou la réindexation de très gros index.

Paramétrage de work_mem :

Pour work_mem, c’est beaucoup plus compliqué.

Si work_mem est trop bas, beaucoup d’opérations de tri, y compris nombre de jointures, ne s’effectueront pas en RAM. Par exemple, si une jointure par hachage impose d’utiliser 100 Mo en mémoire, mais que work_mem vaut 10 Mo, PostgreSQL écrira des dizaines de Mo sur disque à chaque appel de la jointure. Si, par contre, le paramètre work_mem vaut 120 Mo, aucune écriture n’aura lieu sur disque, ce qui accélérera forcément la requête.

Trop de fichiers temporaires peuvent ralentir les opérations, voire saturer le disque. Un work_mem trop bas peut aussi contraindre le planificateur à choisir des plans d’exécution moins optimaux.

Par contre, si work_mem est trop haut, et que trop de requêtes le consomment simultanément, le danger est de saturer la RAM. Il n’existe en effet pas de limite à la consommation des sessions de PostgreSQL, ni globalement ni par session !

Or le paramétrage de l’overcommit sous Linux est par défaut très permissif, le noyau ne bloquera rien. La première conséquence de la saturation de mémoire est l’assèchement du cache système (complémentaire de celui de PostgreSQL), et la dégradation des performances. Puis le système va se mettre à swapper, avec à la clé un ralentissement général et durable. Enfin le noyau, à court de mémoire, peut être amené à tuer un processus de PostgreSQL. Cela mène à l’arrêt de l’instance, ou plus fréquemment à son redémarrage brutal avec coupure de toutes les connexions et requêtes en cours.

Toutefois, si l’administrateur paramètre correctement l’overcommit, Linux refusera d’allouer la RAM et la requête tombera en erreur, mais le cache système sera préservé, et PostgreSQL ne tombera pas.

Suivant la complexité des requêtes, il est possible qu’un processus utilise plusieurs fois work_mem (par exemple si une requête fait une jointure et un tri, ou qu’un nœud est parallélisé). À l’inverse, beaucoup de requêtes ne nécessitent aucune mémoire de travail.

La valeur de work_mem dépend donc beaucoup de la mémoire disponible, des requêtes et du nombre de connexions actives.

Si le nombre de requêtes simultanées est important, work_mem devra être faible. Avec peu de requêtes simultanées, work_mem pourra être augmenté sans risque.

Il n’y a pas de formule de calcul miracle. Une première estimation courante, bien que très conservatrice, peut être :

work_mem = mémoire / max_connections

On obtient alors, sur un serveur dédié avec 16 Go de RAM et 200 connexions autorisées :

work_mem = 80MB

Mais max_connections est fréquemment surdimensionné, et beaucoup de sessions sont inactives. work_mem est alors sous-dimensionné.

Plus finement, Christophe Pettus propose en première intention :

work_mem = 4 × mémoire libre / max_connections

Soit, pour une machine dédiée avec 16 Go de RAM, donc 4 Go de shared buffers, et 200 connections :

work_mem = 240MB

Dans l’idéal, si l’on a le temps pour une étude, on montera work_mem jusqu’à voir disparaître l’essentiel des fichiers temporaires dans les traces, tout en restant loin de saturer la RAM lors des pics de charge.

En pratique, le défaut de 4 Mo est très conservateur, souvent insuffisant. Généralement, la valeur varie entre 10 et 100 Mo. Au-delà de 100 Mo, il y a souvent un problème ailleurs : des tris sur de trop gros volumes de données, une mémoire insuffisante, un manque d’index (utilisés pour les tris), etc. Des valeurs vraiment grandes ne sont valables que sur des systèmes d’infocentre.

Augmenter globalement la valeur du work_mem peut parfois mener à une consommation excessive de mémoire. Il est possible de ne la modifier que le temps d’une session pour les besoins d’une requête ou d’un traitement particulier :

SET work_mem TO '30MB' ;

hash_mem_multiplier :

À partir de PostgreSQL 13, un paramètre multiplicateur peut s’appliquer à certaines opérations particulières (le hachage, lors de jointures ou agrégations). Nommé hash_mem_multiplier, il vaut 1 par défaut en versions 13 et 14, et 2 à partir de la 15. hash_mem_multiplier permet de donner plus de RAM à ces opérations sans augmenter globalement work_mem.

Tables temporaires

Les tables temporaires (et leurs index) sont locales à chaque session, et disparaîtront avec elle. Elles sont tout de même écrites sur disque dans le répertoire de la base.

Le cache dédié à ces tables pour minimiser les accès est séparé des shared buffers, parce qu’il est propre à la session. Sa taille dépend du paramètre temp_buffers. La valeur par défaut (8 Mo) peut être insuffisante dans certains cas pour éviter les accès aux fichiers de la table. Elle doit être augmentée avant la création de la table temporaire.

Shared buffers

Shared buffers ou blocs de mémoire partagée
- partage les blocs entre les processus
- cache en lecture ET écriture
- double emploi partiel avec le cache du système (voir effective_cache_size)
- importants pour les performances !
Dimensionnement en première intention & avant tests :
- shared_buffers = 25 % RAM généralement
- si > 8 Go : Huge Pages, max_wal_size…

PostgreSQL dispose de son propre mécanisme de cache. Toute donnée lue l’est de ce cache. Si la donnée n’est pas dans le cache, le processus devant effectuer cette lecture l’y recopie avant d’y accéder dans le cache.

L’unité de travail du cache est le bloc (de 8 ko par défaut) de données. C’est-à-dire qu’un processus charge toujours un bloc dans son entier quand il veut lire un enregistrement. Chaque bloc du cache correspond donc exactement à un bloc d’un fichier d’un objet. Cette information est d’ailleurs, bien sûr, stockée en en-tête du bloc de cache.

Tous les processus accèdent à ce cache unique. C’est la zone la plus importante, par la taille, de la mémoire partagée. Toute modification de données est tracée dans le journal de transaction, puis modifiée dans ce cache. Elle n’est donc pas écrite sur le disque par le processus effectuant la modification, sauf en dernière extrémité (voir Synchronisation en arrière plan).

Tout accès à un bloc nécessite la prise de verrous. Un pin lock, qui est un simple compteur, indique qu’un processus se sert du buffer, et qu’il n’est donc pas réutilisable. C’est un verrou potentiellement de longue durée. Il existe de nombreux autres verrous, de plus courte durée, pour obtenir le droit de modifier le contenu d’un buffer, d’un enregistrement dans un buffer, le droit de recycler un buffer… mais tous ces verrous n’apparaissent pas dans la table pg_locks, car ils sont soit de très courte durée, soit partagés (comme le spin lock). Il est donc très rare qu’ils soient sources de contention, mais le diagnostic d’une contention à ce niveau est difficile.

Les lectures et écritures de PostgreSQL passent toutefois toujours par le cache du système. Les deux caches risquent donc de stocker les mêmes informations. Les algorithmes d’éviction sont différents entre le système et PostgreSQL, PostgreSQL disposant de davantage d’informations sur l’utilisation des données, et le type d’accès qui y est fait. La redondance est donc habituellement limitée.

Dimensionner correctement ce cache est important pour de nombreuses raisons.

Un cache trop petit :

ralentit l’accès aux données, car des données importantes risquent de ne plus s’y trouver ;
force l’écriture de données sur le disque, ralentissant les sessions qui auraient pu effectuer uniquement des opérations en mémoire ;
limite le regroupement d’écritures, dans le cas où un bloc viendrait à être modifié plusieurs fois.

Un cache trop grand :

limite l’efficacité du cache système en augmentant la redondance de données entre les deux caches ;
peut ralentir PostgreSQL, car la gestion des shared_buffers a un coût de traitement ;
réduit la mémoire disponible pour d’autres opérations (tris en mémoire notamment), et peut provoquer plus d’erreurs de saturation de la mémoire.

Pour dimensionner shared_buffers sur un serveur dédié à PostgreSQL, la documentation officielle donne 25 % de la mémoire vive totale comme un bon point de départ, et déconseille de dépasser 40 %, car le cache du système d’exploitation est aussi utilisé.

Sur une machine dédiée de 32 Go de RAM, cela donne donc :

shared_buffers = 8GB

Le défaut de 128 Mo n’est donc pas adapté à un serveur sur une machine récente.

Suivant les cas, une valeur inférieure ou supérieure à 25 % sera encore meilleure pour les performances, mais il faudra tester avec votre charge (en lecture, en écriture, et avec le bon nombre de clients).

Le cache système limite la plupart du temps l’impact d’un mauvais paramétrage de shared_buffers, et il est moins grave de sous-dimensionner un peu shared_buffers que de le sur-dimensionner.

Attention : une valeur élevée de shared_buffers (au-delà de 8 Go) nécessite de paramétrer finement le système d’exploitation (Huge Pages notamment) et d’autres paramètres liés aux journaux et checkpoints comme max_wal_size. Il faut aussi s’assurer qu’il restera de la mémoire pour le reste des opérations (tri…) et donc adapter work_mem.

Modifier shared_buffers impose de redémarrer l’instance.

Un cache supplémentaire est disponible pour PostgreSQL : celui du système d’exploitation. Il est donc intéressant de préciser à PostgreSQL la taille approximative du cache, ou du moins de la part du cache qu’occupera PostgreSQL. Le paramètre effective_cache_size n’a pas besoin d’être très précis, mais il permet une meilleure estimation des coûts par le moteur. Il est paramétré habituellement aux alentours des ⅔ de la taille de la mémoire vive du système d’exploitation, pour un serveur dédié.

Par exemple pour une machine avec 32 Go de RAM, on peut paramétrer en première intention dans postgresql.conf :

shared_buffers = '8GB'
effective_cache_size = '21GB'

Cela sera à ajuster en fonction du comportement observé de l’application.

Notions essentielles de gestion du cache

Buffer pin
Buffer dirty/clean
Compteur d’utilisation
Clocksweep

Les principales notions à connaître pour comprendre le mécanisme de gestion du cache de PostgreSQL sont :

Buffer pin

Un processus voulant accéder à un bloc du cache (buffer) doit d’abord épingler (to pin) ce bloc pour forcer son maintien en cache. Pour ce faire, il incrémente le compteur buffer pin, puis le décrémente quand il a fini. Un buffer dont le pin est différent de 0 est donc utilisé et ne peut être recyclé.

Buffer dirty/clean

Un buffer est dirty (sale) si son contenu a été modifié en mémoire, mais pas encore sur disque. Le fichier de données n’est donc plus à jour (mais a bien été pérennisée sur disque dans les journaux de transactions). Il faudra écrire ce bloc avant de pouvoir le supprimer du cache. Nous verrons plus loin comment.

Un buffer est clean (propre) s’il n’a pas été modifié. Le bloc peut être supprimé du cache sans nécessiter le coût d’une écriture sur disque.

Compteur d’utilisation

Cette technique vise à garder dans le cache les blocs les plus utilisés.

À chaque fois qu’un processus a fini de se servir d’un buffer (quand il enlève son pin), ce compteur est incrémenté (à hauteur de 5 dans l’implémentation actuelle). Il est décrémenté par le clocksweep évoqué plus bas.

Seul un buffer dont le compteur est à zéro peut voir son contenu remplacé par un nouveau bloc.

Clocksweep (ou algorithme de balayage)

Un processus ayant besoin de charger un bloc de données dans le cache doit trouver un buffer disponible. Soit il y a encore des buffers vides (cela arrive principalement au démarrage d’une instance), soit il faut libérer un buffer.

L’algorithme clocksweep parcourt la liste des buffers de façon cyclique à la recherche d’un buffer unpinned dont le compteur d’utilisation est à zéro. Tout buffer visité voit son compteur décrémenté de 1. Le système effectue autant de passes que nécessaire sur tous les blocs jusqu’à trouver un buffer à 0. Ce clocksweep est effectué par chaque processus, au moment où ce dernier a besoin d’un nouveau buffer.

Ring buffer

But : ne pas purger le cache à cause :

des grandes tables
de certaines opérations
- Seq Scan (lecture)
- VACUUM (écritures)
- COPY, CREATE TABLE AS SELECT…
- …

Une table peut être plus grosse que les shared buffers. Sa lecture intégrale (lors d’un parcours complet ou d’une opération de maintenance) ne doit pas mener à l’éviction de tous les blocs du cache.

PostgreSQL utilise donc plutôt un ring buffer quand la taille de la relation dépasse ¼ de shared_buffers. Un ring buffer est une zone de mémoire gérée à l’écart des autres blocs du cache. Pour un parcours complet d’une table, cette zone est de 256 ko (taille choisie pour tenir dans un cache L2). Si un bloc y est modifié (UPDATE…), il est traité hors du ring buffer comme un bloc sale normal. Pour un VACUUM, la même technique est utilisée, mais les écritures se font dans le ring buffer. Pour les écritures en masse (notamment COPY ou CREATE TABLE AS SELECT), une technique similaire utilise un ring buffer de 16 Mo.

Le site The Internals of PostgreSQL et un README dans le code de PostgreSQL entrent plus en détail sur tous ces sujets tout en restant lisibles.

Contenu du cache

2 extensions en « contrib » :

pg_buffercache
pg_prewarm

Deux extensions sont livrées dans les contribs de PostgreSQL qui impactent le cache.

pg_buffercache permet de consulter le contenu du cache (à utiliser de manière très ponctuelle). La requête suivante indique les objets non système de la base en cours, présents dans le cache et s’ils sont dirty ou pas :

pgbench=# CREATE EXTENSION pg_buffercache ;

pgbench=# SELECT
    relname,
    isdirty,
    count(bufferid) AS blocs,
    pg_size_pretty(count(bufferid) * current_setting ('block_size')::int) AS taille
FROM pg_buffercache b
INNER JOIN pg_class c ON c.relfilenode = b.relfilenode
WHERE relname NOT LIKE 'pg\_%'
GROUP BY
        relname,
        isdirty
ORDER BY 1, 2 ;

        relname        | isdirty | blocs | taille
-----------------------+---------+-------+---------
 pgbench_accounts      | f       |  8398 | 66 MB
 pgbench_accounts      | t       |  4622 | 36 MB
 pgbench_accounts_pkey | f       |  2744 | 21 MB
 pgbench_branches      | f       |    14 | 112 kB
 pgbench_branches      | t       |     2 | 16 kB
 pgbench_branches_pkey | f       |     2 | 16 kB
 pgbench_history       | f       |   267 | 2136 kB
 pgbench_history       | t       |   102 | 816 kB
 pgbench_tellers       | f       |    13 | 104 kB
 pgbench_tellers_pkey  | f       |     2 | 16 kB

L’extension pg_prewarm permet de précharger un objet dans le cache de PostgreSQL (si le cache est assez gros, bien sûr) :

=# CREATE EXTENSION pg_prewarm ;
=# SELECT pg_prewarm ('nom_table_ou_index', 'buffer') ;

Il permet même de recharger dès le démarrage le contenu du cache lors d’un arrêt (voir la documentation).

Ces deux outils sont décrits dans le module de formation X2.

Synchronisation en arrière-plan

Pour synchroniser les blocs « dirty » :

Checkpointer essentiellement :
- lors des checkpoints (surtout périodiques)
- synchronise toutes les pages dirty
Background writer :
- de façon anticipée, selon l’activité
- une portion des pages
Backends
- en dernière extrémité

Afin de limiter les attentes des sessions interactives, PostgreSQL dispose de deux processus complémentaires, le background writer et le checkpointer. Tous deux ont pour rôle d’écrire sur le disque les buffers dirty (« sales ») de façon asynchrone. Le but est de ne pas impacter les temps de traitement des requêtes des utilisateurs, donc que les écritures soient lissées sur de grandes plages de temps, pour ne pas saturer les disques, mais en nettoyant assez souvent le cache pour qu’il y ait toujours assez de blocs libérables en cas de besoin.

Le checkpointer écrit généralement l’essentiel des blocs dirty. Lors des checkpoints, il synchronise sur disque tous les blocs modifiés. Son rôle est de lisser cette charge sans saturer les disques.

Comme le checkpointer n’est pas censé passer très souvent, le background writer anticipe les besoins des sessions, et écrit lui-même une partie des blocs dirty.

Lors d’écritures intenses, il est possible que ces deux mécanismes soient débordés. Les processus backend ne trouvent alors plus en cache de bloc libre ou libérable, et doivent alors écrire eux-mêmes dans les fichiers de données (après les journaux de transaction, bien sûr). Cette situation est évidemment à éviter, ce qui implique généralement de rendre le background writer plus agressif.

Nous verrons plus loin les paramètres concernés.

Journalisation

Garantir la durabilité des données
Base encore cohérente après :
- arrêt brutal des processus
- crash machine
- …
Écriture des modifications dans un journal avant les fichiers de données
WAL : Write Ahead Logging

La journalisation, sous PostgreSQL, permet de garantir l’intégrité des fichiers, et la durabilité des opérations :

L’intégrité : quoi qu’il arrive, exceptée la perte des disques de stockage bien sûr, la base reste cohérente. Un arrêt d’urgence ne corrompra pas la base.
Toute donnée validée (COMMIT) est écrite. Un arrêt d’urgence ne va pas la faire disparaître.

Pour cela, le mécanisme est relativement simple : toute modification affectant un fichier sera d’abord écrite dans le journal. Les modifications affectant les vrais fichiers de données ne sont écrites qu’en mémoire, dans les shared buffers. Elles seront écrites de façon asynchrone, soit par un processus recherchant un buffer libre, soit par le background writer, soit par le checkpointer.

Les écritures dans le journal, bien que synchrones, sont relativement performantes, car elles sont séquentielles (moins de déplacement de têtes pour les disques).

Journaux de transaction (rappels)

Essentiellement :

pg_wal/ : journaux de transactions
- sous-répertoire archive_status
- nom : timeline, journal, segment
- ex : 00000002 00000142 000000FF
pg_xact/ : état des transactions
Ces fichiers sont vitaux !

Rappelons que les journaux de transaction sont des fichiers de 16 Mo par défaut, stockés dans PGDATA/pg_wal (pg_xlog avant la version 10), dont les noms comportent le numéro de timeline, un numéro de journal de 4 Go et un numéro de segment, en hexadécimal.

$ ls -l
total 2359320
...
-rw------- 1 postgres postgres 33554432 Mar 26 16:28 00000002000001420000007C
-rw------- 1 postgres postgres 33554432 Mar 26 16:28 00000002000001420000007D
...
-rw------- 1 postgres postgres 33554432 Mar 26 16:25 000000020000014300000023
-rw------- 1 postgres postgres 33554432 Mar 26 16:25 000000020000014300000024
drwx------ 2 postgres postgres    16384 Mar 26 16:28 archive_status

Le sous-répertoire archive_status est lié à l’archivage.

D’autres plus petits répertoires comme pg_xact, qui contient les statuts des transactions passées, ou pg_commit_ts, pg_multixact, pg_serial, pg_snapshots, pg_subtrans ou encore pg_twophase sont également impliqués.

Tous ces répertoires sont critiques, gérés par PostgreSQL, et ne doivent pas être modifiés !

Checkpoint

« Point de reprise »
À partir d’où rejouer les journaux ?
Données écrites au moins au niveau du checkpoint
- il peut durer
Processus checkpointer

PostgreSQL trace les modifications de données dans les journaux WAL. Ceux-ci sont générés au fur et à mesure des écritures.

Si le système ou l’instance sont arrêtés brutalement, il faut que PostgreSQL puisse appliquer le contenu des journaux non traités sur les fichiers de données. Il a donc besoin de savoir à partir d’où rejouer ces données. Ce point est ce qu’on appelle un checkpoint, ou « point de reprise ».

Les principes sont les suivants :

Toute entrée dans les journaux est idempotente, c’est-à-dire qu’elle peut être appliquée plusieurs fois, sans que le résultat final ne soit changé. C’est nécessaire, au cas où la récupération serait interrompue, ou si un fichier sur lequel la reprise est effectuée était plus récent que l’entrée qu’on souhaite appliquer.

Tout fichier de journal antérieur au dernier point de reprise valide peut être supprimé ou recyclé, car il n’est plus nécessaire à la récupération.

PostgreSQL a besoin des fichiers de données qui contiennent toutes les données jusqu’au point de reprise. Ils peuvent être plus récents et contenir des informations supplémentaires, ce n’est pas un problème.

Un checkpoint n’est pas un « instantané » cohérent de l’ensemble des fichiers. C’est simplement l’endroit à partir duquel les journaux doivent être rejoués. Il faut donc pouvoir garantir que tous les blocs modifiés dans le cache au démarrage du checkpoint auront été synchronisés sur le disque quand le checkpoint sera terminé, et marqué comme dernier checkpoint valide. Un checkpoint peut donc durer plusieurs minutes, sans que cela ne bloque l’activité.

C’est le processus checkpointer qui est responsable de l’écriture des buffers devant être synchronisés durant un checkpoint.

Déclenchement & comportement des checkpoints - 1

Déclenchement périodique (idéal)
- checkpoint_timeout
ou : Quantité de journaux
- max_wal_size (pas un plafond !)
ou : CHECKPOINT
À la fin :
- sync
- recyclage des journaux
Espacer les checkpoints peut réduire leur volumétrie

Plusieurs paramètres influencent le comportement des checkpoints.

Dans l’idéal les checkpoints sont périodiques. Le temps maximum entre deux checkpoints est fixé par checkpoint_timeout (par défaut 300 secondes). C’est parfois un peu court pour les instances actives.

Le checkpoint intervient aussi quand il y a beaucoup d’écritures et que le volume des journaux dépasse le seuil défini par le paramètre max_wal_size (1 Go par défaut). Un checkpoint est alors déclenché.

L’ordre CHECKPOINT déclenche aussi un checkpoint sans attendre. En fait, il sert surtout à des utilitaires.

Une fois le checkpoint terminé, les journaux sont à priori inutiles. Ils peuvent être effacés pour redescendre en-dessous de la quantité définie par max_wal_size. Ils sont généralement « recyclés », c’est-à-dire renommés, et prêt à être réécris.

Cependant, les journaux peuvent encore être retenus dans pg_wal/ si l’archivage a été activé et que certains n’ont pas été sauvegardés, ou si l’on garde des journaux pour des serveurs secondaires.

À cause de cela, le volume de l’ensemble des fichiers WAL peut largement dépasser la taille fixée par max_wal_size. Ce n’est pas une valeur plafond !

Il existe un paramètre min_wal_size (défaut : 80 Mo) qui fixe la quantité minimale de journaux à tout moment, même sans activité en écriture. Ils seront donc vides et prêts à être remplis en cas d’écriture imprévue. Bien sûr, s’il y a des grosses écritures, PostgreSQL créera au besoin des journaux supplémentaires, jusque max_wal_size, voire au-delà. Mais il lui faudra les créer et les remplir intégralement de zéros avant utilisation.

Après un gros pic d’activité suivi d’un checkpoint et d’une période calme, la quantité de journaux va très progressivement redescendre de max_wal_size à min_wal_size.

Le dimensionnement de ces paramètres est très dépendant du contexte, de l’activité habituelle, et de la régularité des écritures. Le but est d’éviter des gros pics d’écriture, et donc d’avoir des checkpoints essentiellement périodiques, même si des opérations ponctuelles peuvent y échapper (gros chargements, grosse maintenance…).

Des checkpoints espacés ont aussi pour effet de réduire la quantité totale de journaux écrits. En effet, par défaut, un bloc modifié est intégralement écrit dans les journaux à sa première modification après un checkpoint, mais par la suite seules les modifications de ce bloc sont journalisées. Espacer les checkpoints peut économiser beaucoup de place disque quand les journaux sont archivés, et du réseau s’ils sont répliqués. Par contre, un écart plus grand entre checkpoints peut allonger la restauration après un arrêt brutal, car il y aura plus de journaux à rejouer.

En pratique, une petite instance se contentera du paramétrage de base ; une plus grosse montera max_wal_size à plusieurs gigaoctets.

Si l’on monte max_wal_size, par cohérence, il faudra penser à augmenter aussi checkpoint_timeout, et vice-versa.

Pour min_wal_size, rien n’interdit de prendre une valeur élevée pour mieux absorber les montées d’activité brusques.

Enfin, le checkpoint comprend un sync sur disque final. Toujours pour éviter des à-coups d’écriture, PostgreSQL demande au système d’exploitation de forcer un vidage du cache quand checkpoint_flush_after a déjà été écrit (par défaut 256 ko). Avant PostgreSQL 9.6, ceci se paramétrait au niveau de Linux en abaissant les valeurs des sysctl vm.dirty_*. Il y a un intérêt à continuer de le faire, car PostgreSQL n’est pas seul à écrire de gros fichiers (exports pg_dump, copie de fichiers…).

Déclenchement & comportement des checkpoints - 2

Dilution des écritures
- checkpoint_completion_target × durée moy. entre 2 checkpoints
Surveillance :
- checkpoint_warning
- log_checkpoints
- Gardez de la place ! sinon crash…

Quand le checkpoint démarre, il vise à lisser au maximum le débit en écriture. La durée d’écriture des données se calcule à partir d’une fraction de la durée d’exécution des précédents checkpoints, fraction fixée par le paramètre checkpoint_completion_target. Sa valeur par défaut est celle préconisée par la documentation pour un lissage maximum, soit 0,9 (depuis la version 14, et auparavant le défaut de 0,5 était fréquemment corrigé). Par défaut, PostgreSQL prévoit donc une durée maximale de 300 × 0,9 = 270 secondes pour opérer son checkpoint, mais cette valeur pourra évoluer ensuite suivant la durée réelle des checkpoints précédents.

Il est possible de suivre le déroulé des checkpoints dans les traces si log_checkpoints est à on. De plus, si deux checkpoints sont rapprochés d’un intervalle de temps inférieur à checkpoint_warning (défaut : 30 secondes), un message d’avertissement sera tracé. Une répétition fréquente indique que max_wal_size est bien trop petit.

Enfin, répétons que max_wal_size n’est pas une limite en dur de la taille de pg_wal/.

La partition de pg_wal/ doit être taillée généreusement. Sa saturation entraîne l’arrêt immédiat de l’instance !

Paramètres du background writer

Nettoyage selon l’activité, en plus du checkpointer :

bgwriter_delay
bgwriter_lru_maxpages
bgwriter_lru_multiplier
bgwriter_flush_after

Comme le checkpointer ne s’exécute pas très souvent, et ne s’occupe pas des blocs salis depuis son exécution courante, il est épaulé par le background writer. Celui-ci pour but de nettoyer une partie des blocs dirty pour faire de la place à d’autres. Il s’exécute beaucoup plus fréquemment que le checkpointer mais traite moins de blocs à chaque fois.

À intervalle régulier, le background writer synchronise un nombre de buffers proportionnel à l’activité sur l’intervalle précédent. Quatre paramètres régissent son comportement :

bgwriter_delay (défaut : 200 ms) : la fréquence à laquelle se réveille le background writer ;
bgwriter_lru_maxpages (défaut : 100) : le nombre maximum de pages pouvant être écrites sur chaque tour d’activité. Ce paramètre permet d’éviter que le background writer ne veuille synchroniser trop de pages si l’activité des sessions est trop intense : dans ce cas, autant les laisser effectuer elles-mêmes les synchronisations, étant donné que la charge est forte ;
bgwriter_lru_multiplier (defaut : 2) : le coefficient multiplicateur utilisé pour calculer le nombre de buffers à libérer par rapport aux demandes d’allocation sur la période précédente ;
bgwriter_flush_after (défaut : 512 ko sous Linux, 0 ou désactivé ailleurs) : à partir de quelle quantité de données écrites une synchronisation sur disque est demandée.

Pour les paramètres bgwriter_lru_maxpages et bgwriter_lru_multiplier, lru signifie Least Recently Used (« moins récemment utilisé »). Ainsi le background writer synchronisera les pages du cache qui ont été utilisées le moins récemment.

Ces paramètres permettent de rendre le background writer plus agressif si la supervision montre que les processus backends écrivent trop souvent les blocs de données eux-mêmes, faute de blocs libres dans le cache, ce qui évidemment ralentit l’exécution du point de vue du client.

Évidemment, certaines écritures massives ne peuvent être absorbées par le background writer. Elles provoquent des écritures par les processus backend et des checkpoints déclenchés.

WAL buffers : journalisation en mémoire

Mutualiser les écritures entre transactions
Un processus d’arrière plan : walwriter
Paramètres notables :
- wal_buffers
- wal_writer_flush_after
Fiabilité :
- fsync = on
- full_page_writes = on
- sinon corruption !

La journalisation s’effectue par écriture dans les journaux de transactions. Toutefois, afin de ne pas effectuer des écritures synchrones pour chaque opération dans les fichiers de journaux, les écritures sont préparées dans des tampons (buffers) en mémoire. Les processus écrivent donc leur travail de journalisation dans des buffers, ou WAL buffers. Ceux-ci sont vidés quand une session demande validation de son travail (COMMIT), qu’il n’y a plus de buffer disponible, ou que le walwriter se réveille (wal_writer_delay).

Écrire un ou plusieurs blocs séquentiels de façon synchrone sur un disque a le même coût à peu de chose près. Ce mécanisme permet donc de réduire fortement les demandes d’écriture synchrone sur le journal, et augmente donc les performances.

Afin d’éviter qu’un processus n’ait tous les buffers à écrire à l’appel de COMMIT, et que cette opération ne dure trop longtemps, un processus d’arrière-plan appelé walwriter écrit à intervalle régulier tous les buffers à synchroniser.

Ce mécanisme est géré par ces paramètres, rarement modifiés :

wal_buffers : taille des WAL buffers, soit par défaut 1/32e de shared_buffers avec un maximum de 16 Mo (la taille d’un segment), des valeurs supérieures (par exemple 128 Mo) pouvant être intéressantes pour les très grosses charges ;
wal_writer_delay (défaut : 200 ms) : intervalle auquel le walwriter se réveille pour écrire les buffers non synchronisés ;
wal_writer_flush_after (défaut : 1 Mo) : au-delà de cette valeur, les journaux écrits sont synchronisés sur disque pour éviter l’accumulation dans le cache de l’OS.

Pour la fiabilité, on ne touchera pas à ceux-ci :

wal_sync_method : appel système à utiliser pour demander l’écriture synchrone (sauf très rare exception, PostgreSQL détecte tout seul le bon appel système à utiliser) ;
full_page_writes : doit-on réécrire une image complète d’une page suite à sa première modification après un checkpoint ? Sauf cas très particulier, comme un système de fichiers Copy On Write comme ZFS ou btrfs, ce paramètre doit rester à on pour éviter des corruptions de données (et il est alors conseillé d’espacer les checkpoints pour réduire la volumétrie des journaux) ;
fsync : doit-on réellement effectuer les écritures synchrones ? Le défaut est on et il est très fortement conseillé de le laisser ainsi en production. Avec off, les performances en écritures sont certes très accélérées, mais en cas d’arrêt d’urgence de l’instance, les données seront totalement corrompues ! Ce peut être intéressant pendant le chargement initial d’une nouvelle instance par exemple, sans oublier de revenir à on après ce chargement initial. (D’autres paramètres et techniques existent pour accélérer les écritures et sans corrompre votre instance, si vous êtes prêt à perdre certaines données non critiques : synchronous_commit à off, les tables unlogged…)

Compression des journaux

wal_compression
- compression des enregistrements
- moins de journaux
- un peu de CPU

Limiter le coût de la journalisation

synchronous_commit
- perte potentielle de données validées
commit_delay / commit_siblings
Par session

Le coût d’un fsync est parfois rédhibitoire. Avec certains sacrifices, il est parfois possible d’améliorer les performances sur ce point.

Le paramètre synchronous_commit (défaut : on) indique si la validation de la transaction en cours doit déclencher une écriture synchrone dans le journal. Le défaut permet de garantir la pérennité des données dès la fin du COMMIT.

Mais ce paramètre peut être modifié dans chaque session par une commande SET, et passé à off s’il est possible d’accepter une petite perte de données pourtant committées. La perte peut monter à 3 × wal_writer_delay (600 ms) ou wal_writer_flush_after (1 Mo) octets écrits. On accélère ainsi notablement les flux des petites transactions. Les transactions où le paramètre reste à on continuent de profiter de la sécurité maximale. La base restera, quoi qu’il arrive, cohérente. (Ce paramètre permet aussi de régler le niveau des transactions synchrones avec des secondaires.)

Il existe aussi commit_delay (défaut : 0) et commit_siblings (défaut : 5) comme mécanisme de regroupement de transactions. S’il y au moins commit_siblings transactions en cours, PostgreSQL attendra jusqu’à commit_delay (en microsecondes) avant de valider une transaction pour permettre à d’autres transactions de s’y rattacher. Ce mécanisme, désactivé par défaut, accroît la latence de certaines transactions afin que plusieurs soient écrites ensembles, et n’apporte un gain de performance global qu’avec de nombreuses petites transactions en parallèle, et des disques classiques un peu lents. (En cas d’arrêt brutal, il n’y a pas à proprement parler de perte de données puisque les transactions délibérément retardées n’ont pas été signalées comme validées.)

Au-delà de la journalisation

Sauvegarde PITR
Réplication physique
- par log shipping
- par streaming

L’archivage des journaux

Repartir à partir :
- d’une vieille sauvegarde
- les journaux archivés
Sauvegarde à chaud
Sauvegarde en continu
Paramètres
- wal_level, archive_mode
- archive_command ou archive_library

Les journaux permettent de rejouer, suite à un arrêt brutal de la base, toutes les modifications depuis le dernier checkpoint. Les journaux devenus obsolète depuis le dernier checkpoint (l’avant-dernier avant la version 11) sont à terme recyclés ou supprimés, car ils ne sont plus nécessaires à la réparation de la base.

Le but de l’archivage est de stocker ces journaux, afin de pouvoir rejouer leur contenu, non plus depuis le dernier checkpoint, mais depuis une sauvegarde. Le mécanisme d’archivage permet de repartir d’une sauvegarde binaire de la base (c’est-à-dire des fichiers, pas un pg_dump), et de réappliquer le contenu des journaux archivés.

Il suffit de rejouer tous les journaux depuis le checkpoint précédent la sauvegarde jusqu’à la fin de la sauvegarde, ou même à un point précis dans le temps. L’application de ces journaux permet de rendre à nouveau cohérents les fichiers de données, même si ils ont été sauvegardés en cours de modification.

Ce mécanisme permet aussi de fournir une sauvegarde continue de la base, alors même que celle-ci travaille.

Tout ceci est vu dans le module Point In Time Recovery.

Même si l’archivage n’est pas en place, il faut connaître les principaux paramètres impliqués :

wal_level :

Il vaut replica par défaut depuis la version 10. Les journaux contiennent les informations nécessaires pour une sauvegarde PITR ou une réplication vers une instance secondaire.

Si l’on descend à minimal (défaut jusqu’en version 9.6 incluse), les journaux ne contiennent plus que ce qui est nécessaire à une reprise après arrêt brutal sur le serveur en cours. Ce peut être intéressant pour réduire, parfois énormément, le volume des journaux générés, si l’on a bien une sauvegarde non PITR par ailleurs.

Le niveau logical est destiné à la réplication logique.

(Avant la version 9.6 existaient les niveaux intermédiaires archive et hot_standby, respectivement pour l’archivage et pour un serveur secondaire en lecture seule. Ils sont toujours acceptés, et assimilés à replica.)

archive_mode & archive_command/archive_library :

Il faut qu’archive_mode soit à on pour activer l’archivage. Les journaux sont alors copiés grâce à une commande shell à fournir dans archive_command ou grâce à une bibliothèque partagée indiquée dans archive_library (version 15 ou postérieure). En général on y indiquera ce qu’exige un outil de sauvegarde dédié (par exemple pgBackRest ou barman) dans sa documentation.

Réplication

Log shipping : fichier par fichier
Streaming : entrée par entrée (en flux continu)
Serveurs secondaires très proches de la production, en lecture

La restauration d’une sauvegarde peut se faire en continu sur un autre serveur, qui peut même être actif (bien que forcément en lecture seule). Les journaux peuvent être :

envoyés régulièrement vers le secondaire, qui les rejouera : c’est le principe de la réplication par log shipping ;
envoyés par fragments vers cet autre serveur : c’est la réplication par streaming.

Ces thèmes ne seront pas développés ici. Signalons juste que la réplication par log shipping implique un archivage actif sur le primaire, et l’utilisation de restore_command (et d’autres pour affiner) sur le secondaire. Le streaming permet de se passer d’archivage, même si coupler streaming et sauvegarde PITR est une bonne idée. Sur un PostgreSQL récent, le primaire a par défaut le nécessaire activé pour se voir doté d’un secondaire : wal_level est à replica ; max_wal_senders permet d’ouvrir des processus dédiés à la réplication ; et l’on peut garder des journaux en paramétrant wal_keep_size (ou wal_keep_segments avant la version 13) pour limiter les risques de décrochage du secondaire.

Une configuration supplémentaire doit se faire sur le serveur secondaire, indiquant comment récupérer les fichiers de l’archive, et comment se connecter au primaire pour récupérer des journaux. Elle a lieu dans les fichiers recovery.conf (jusqu’à la version 11 comprise), ou (à partir de la version 12) postgresql.conf dans les sections évoquées plus haut, ou postgresql.auto.conf.

Conclusion

Mémoire et journalisation :

complexe
critique
mais fiable
et le socle de nombreuses fonctionnalités évoluées

Questions

N’hésitez pas, c’est le moment !

Quiz

https://dali.bo/m3_quiz

Travaux pratiques

Mémoire partagée

But : constater l’effet du cache sur les accès.

Se connecter à la base de données b0 et créer une table t2 avec une colonne id de type integer.

Insérer 500 lignes dans la table t2 avec generate_series.

Pour réinitialiser les statistiques de t2 :

utiliser la fonction pg_stat_reset_single_table_counters

l’OID en paramètre est dans la table des relations pg_class, ou peut être trouvé avec 't2'::regclass

Afin de vider le cache, redémarrer l’instance PostgreSQL.

Se connecter à la base de données b0 et lire les données de la table t2.

Récupérer les statistiques IO pour la table t2 dans la vue système pg_statio_user_tables. Qu’observe-t-on ?

Lire de nouveau les données de la table t2 et consulter ses statistiques. Qu’observe-t-on ?

Mémoire de tri

Cache disque de PostgreSQL

But : constater l’effet du cache de PostgreSQL

Se connecter à la base de données b1. Installer l’extension pg_buffercache.

Créer une table t2 avec une colonne id de type integer.

Insérer un million de lignes dans la table t2 avec generate_series.

Pour vider le cache de PostgreSQL, redémarrer l’instance.

Pour vider le cache du système d’exploitation, sous root :
# sync && echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches

Se connecter à la base de données b1. En utilisant l’extension pg_buffercache, que contient le cache de PostgreSQL ? (Compter les blocs pour chaque table ; au besoin s’inspirer de la requête du cours.)

Activer l’affichage de la durée des requêtes. Lire les données de la table t2, en notant la durée d’exécution de la requête. Que contient le cache de PostgreSQL ?

Lire de nouveau les données de la table t2. Que contient le cache de PostgreSQL ?

Configurer la valeur du paramètre shared_buffers à un quart de la RAM.

Redémarrer l’instance PostgreSQL.

Se connecter à la base de données b1 et extraire de nouveau toutes les données de la table t2. Que contient le cache de PostgreSQL ?

Modifier le contenu de la table t2, par exemple avec :
UPDATE t2 SET id = 0 WHERE id < 1000 ;
Que contient le cache de PostgreSQL ?

Exécuter un checkpoint. Que contient le cache de PostgreSQL ?

Journaux

Travaux pratiques (solutions)

Mémoire partagée

Se connecter à la base de données b0 et créer une table t2 avec une colonne id de type integer.

$ psql b0

b0=# CREATE TABLE t2 (id integer);
CREATE TABLE

Insérer 500 lignes dans la table t2 avec generate_series.

b0=# INSERT INTO t2 SELECT generate_series(1, 500);
INSERT 0 500

Pour réinitialiser les statistiques de t2 :

utiliser la fonction pg_stat_reset_single_table_counters

l’OID en paramètre est dans la table des relations pg_class, ou peut être trouvé avec 't2'::regclass Cette fonction attend un OID comme paramètre :

b0=# \df pg_stat_reset_single_table_counters

List of functions
-[ RECORD 1 ]-------+---------------------
Schema              | pg_catalog
Name                | pg_relation_filepath
Result data type    | text
Argument data types | regclass
Type                | func

L’OID est une colonne présente dans la table pg_class :

b0=# SELECT relname, pg_stat_reset_single_table_counters(oid)
     FROM pg_class WHERE relname = 't2';

 relname | pg_stat_reset_single_table_counters
---------+-------------------------------------
 t2      |

Il y a cependant un raccourci à connaître :

SELECT pg_stat_reset_single_table_counters('t2'::regclass) ;

Afin de vider le cache, redémarrer l’instance PostgreSQL.

# systemctl restart postgresql-15

Se connecter à la base de données b0 et lire les données de la table t2.

b0=# SELECT * FROM t2;
[...]

Récupérer les statistiques IO pour la table t2 dans la vue système pg_statio_user_tables. Qu’observe-t-on ?

b0=# \x
Expanded display is on.

b0=# SELECT * FROM pg_statio_user_tables WHERE relname = 't2' ;

-[ RECORD 1 ]---+-------
relid           | 24576
schemaname      | public
relname         | t2
heap_blks_read  | 3
heap_blks_hit   | 0
idx_blks_read   |
idx_blks_hit    |
toast_blks_read |
toast_blks_hit  |
tidx_blks_read  |
tidx_blks_hit   |

3 blocs ont été lus en dehors du cache de PostgreSQL (colonne heap_blks_read).

Lire de nouveau les données de la table t2 et consulter ses statistiques. Qu’observe-t-on ?

b0=# SELECT * FROM t2;
[...]
b0=# SELECT * FROM pg_statio_user_tables WHERE relname = 't2';

-[ RECORD 1 ]---+-------
relid           | 24576
schemaname      | public
relname         | t2
heap_blks_read  | 3
heap_blks_hit   | 3
…

Les 3 blocs sont maintenant lus à partir du cache de PostgreSQL (colonne heap_blks_hit).

Lire de nouveau les données de la table t2 et consulter ses statistiques. Qu’observe-t-on ?

b0=# SELECT * FROM t2;
[...]
b0=# SELECT * FROM pg_statio_user_tables WHERE relname = 't2';

-[ RECORD 1 ]---+-------
relid           | 24576
schemaname      | public
relname         | t2
heap_blks_read  | 3
heap_blks_hit   | 6
…

Quelle que soit la session, le cache étant partagé, tout le monde profite des données en cache.

Mémoire de tri

Ouvrir un premier terminal et laisser défiler le fichier de traces.

Le nom du fichier dépend de l’installation et du moment. Pour suivre tout ce qui se passe dans le fichier de traces, utiliser tail -f :

$ tail -f /var/lib/pgsql/15/data/log/postgresql-Tue.log

Dans un second terminal, activer la trace des fichiers temporaires ainsi que l’affichage du niveau LOG pour le client (il est possible de le faire sur la session uniquement).

Dans la session :

postgres=# SET client_min_messages TO log;
SET
postgres=# SET log_temp_files TO 0;
SET

Les paramètres log_temp_files et client_min_messages peuvent aussi être mis en place une fois pour toutes dans postgresql.conf (recharger la configuration). En fait, c’est généralement conseillé.

Insérer un million de lignes dans la table t2 avec generate_series.

b0=# INSERT INTO t2 SELECT generate_series(1, 1000000);

INSERT 0 1000000

Activer le chronométrage dans la session (\timing on). Lire les données de la table t2 en triant par la colonne id Qu’observe-t-on ?

b0=# \timing on
b0=# SELECT * FROM t2 ORDER BY id;

LOG:  temporary file: path "base/pgsql_tmp/pgsql_tmp1197.0", size 14032896
   id
---------
       1
       1
       2
       2
       3
[...]
Time: 436.308 ms

Le message LOG apparaît aussi dans la trace, et en général il se trouvera là.

PostgreSQL a dû créer un fichier temporaire pour stocker le résultat temporaire du tri. Ce fichier s’appelle base/pgsql_tmp/pgsql_tmp1197.0. Il est spécifique à la session et sera détruit dès qu’il ne sera plus utile. Il fait 14 Mo.

Écrire un fichier de tri sur disque prend évidemment un certain temps, c’est généralement à éviter si le tri peut se faire en mémoire.

Configurer la valeur du paramètre work_mem à 100MB (il est possible de le faire sur la session uniquement).

b0=# SET work_mem TO '100MB';
SET

Lire de nouveau les données de la table t2 en triant par la colonne id. Qu’observe-t-on ?

b0=# SELECT * FROM t2 ORDER BY id;

   id
---------
       1
       1
       2
       2
[...]
Time: 240.565 ms

Il n’y a plus de fichier temporaire généré. La durée d’exécution est bien moindre.

Cache disque de PostgreSQL

Se connecter à la base de données b1. Installer l’extension pg_buffercache.

b1=# CREATE EXTENSION pg_buffercache;
CREATE EXTENSION

Créer une table t2 avec une colonne id de type integer.

b1=# CREATE TABLE t2 (id integer);
CREATE TABLE

Insérer un million de lignes dans la table t2 avec generate_series.

b1=# INSERT INTO t2 SELECT generate_series(1, 1000000);
INSERT 0 1000000

Pour vider le cache de PostgreSQL, redémarrer l’instance.

 # systemctl restart postgresql-15

Pour vider le cache du système d’exploitation, sous root :
# sync && echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches

Se connecter à la base de données b1. En utilisant l’extension pg_buffercache, que contient le cache de PostgreSQL ? (Compter les blocs pour chaque table ; au besoin s’inspirer de la requête du cours.)

b1=# SELECT relfilenode, count(*)
  FROM pg_buffercache
  GROUP BY 1
  ORDER BY 2 DESC
  LIMIT 10;

 relfilenode | count
-------------+-------
             | 16181
        1249 |    57
        1259 |    26
        2659 |    15
[...]

Les valeurs exactes peuvent varier. La colonne relfilenode correspond à l’identifiant système de la table. La deuxième colonne indique le nombre de blocs. Il y a ici 16 181 blocs non utilisés pour l’instant dans le cache (126 Mo), ce qui est logique vu que PostgreSQL vient de redémarrer. Il y a quelques blocs utilisés par des tables systèmes, mais aucune table utilisateur (on les repère par leur OID supérieur à 16384).

Activer l’affichage de la durée des requêtes. Lire les données de la table t2, en notant la durée d’exécution de la requête. Que contient le cache de PostgreSQL ?

b1=# \timing on
Timing is on.

b1=# SELECT * FROM t2;

   id
---------
       1
       2
       3
       4
       5
[...]
Time: 277.800 ms

b1=# SELECT relfilenode, count(*) FROM pg_buffercache
     GROUP BY 1 ORDER BY 2 DESC LIMIT 10 ;

 relfilenode | count
-------------+-------
             | 16220
       16410 |    32
        1249 |    29
        1259 |     9
        2659 |     8
[...]
Time: 30.694 ms

32 blocs ont été alloués pour la lecture de la table t2 (filenode 16410). Cela représente 256 ko alors que la table fait 35 Mo :

b1=# SELECT pg_size_pretty(pg_table_size('t2'));

 pg_size_pretty
----------------
 35 MB
(1 row)

Time: 1.913 ms

Un simple SELECT * ne suffit donc pas à maintenir la table dans le cache. Par contre, ce deuxième accès était déjà beaucoup rapide, ce qui suggère que le système d’exploitation, lui, a probablement gardé les fichiers de la table dans son propre cache.

Lire de nouveau les données de la table t2. Que contient le cache de PostgreSQL ?

b1=# SELECT * FROM t2;

   id
---------
[...]
Time: 184.529 ms

b1=#  SELECT relfilenode, count(*) FROM pg_buffercache
      GROUP BY 1 ORDER BY 2 DESC LIMIT 10 ;

 relfilenode | count
-------------+-------
             | 16039
        1249 |    85
       16410 |    64
        1259 |    39
        2659 |    22
[...]

Il y en en a un peu plus dans le cache (en fait, 2 fois 32 ko). Plus vous exécuterez la requête, et plus le nombre de blocs présents en cache augmentera. Sur le long terme, les 4425 blocs de la table t2 peuvent se retrouver dans le cache.

Configurer la valeur du paramètre shared_buffers à un quart de la RAM.

Pour cela, il faut ouvrir le fichier de configuration postgresql.conf et modifier la valeur du paramètre shared_buffers à un quart de la mémoire. Par exemple :

shared_buffers = 2GB

Redémarrer l’instance PostgreSQL.

# systemctl restart postgresql-15

Se connecter à la base de données b1 et extraire de nouveau toutes les données de la table t2. Que contient le cache de PostgreSQL ?

b1=# \timing on
b1=# SELECT * FROM t2;

   id
---------
       1
[...]
Time: 340.444 ms

b1=# SELECT relfilenode, count(*) FROM pg_buffercache
     GROUP BY 1 ORDER BY 2 DESC LIMIT 10 ;

 relfilenode | count
-------------+--------
             | 257581
       16410 |   4425
        1249 |     29
[...]

PostgreSQL se retrouve avec toute la table directement dans son cache, et ce dès la première exécution.

PostgreSQL est optimisé principalement pour une utilisation multiutilisateur. Dans ce cadre, il faut pouvoir exécuter plusieurs requêtes en même temps. Une requête ne doit donc pas monopoliser tout le cache, juste une partie. Mais plus le cache est gros, plus la partie octroyée est grosse.

Modifier le contenu de la table t2, par exemple avec :
UPDATE t2 SET id = 0 WHERE id < 1000 ;
Que contient le cache de PostgreSQL ?

b1=# UPDATE t2 SET id=0 WHERE id < 1000;
UPDATE 999

b1=# SELECT
    relname,
    isdirty,
    count(bufferid) AS blocs,
    pg_size_pretty(count(bufferid) * current_setting ('block_size')::int) AS taille
FROM pg_buffercache b
INNER JOIN pg_class c ON c.relfilenode = b.relfilenode
WHERE relname NOT LIKE 'pg\_%'
GROUP BY
        relname,
        isdirty
ORDER BY 1, 2 ;

 relname | isdirty | blocs | taille
---------+---------+-------+--------
 t2      | f       |  4419 | 35 MB
 t2      | t       |    15 | 120 kB

15 blocs ont été modifiés (isdirty est à true), le reste n’a pas bougé.

Exécuter un checkpoint. Que contient le cache de PostgreSQL ?

b1=# CHECKPOINT;
CHECKPOINT

b1=# SELECT
    relname,
    isdirty,
    count(bufferid) AS blocs,
    pg_size_pretty(count(bufferid) * current_setting ('block_size')::int) AS taille
FROM pg_buffercache b
INNER JOIN pg_class c ON c.relfilenode = b.relfilenode
WHERE relname NOT LIKE 'pg\_%'
GROUP BY
        relname,
        isdirty
ORDER BY 1, 2 ;

 relname | isdirty | blocs | taille
---------+---------+-------+--------
 t2      | f       |  4434 | 35 MB

Les blocs dirty ont tous été écrits sur le disque et sont devenus « propres ».

Journaux

Insérer 10 millions de lignes dans la table t2 avec generate_series. Que se passe-t-il au niveau du répertoire pg_wal ?

b1=# INSERT INTO t2 SELECT generate_series(1, 10000000);
INSERT 0 10000000

$ ls -al $PGDATA/pg_wal
total 131076
$ ls -al $PGDATA/pg_wal
total 638984
drwx------  3 postgres postgres     4096 Apr 16 17:55 .
drwx------ 20 postgres postgres     4096 Apr 16 17:48 ..
-rw-------  1 postgres postgres 16777216 Apr 16 17:55 000000010000000000000033
-rw-------  1 postgres postgres 16777216 Apr 16 17:55 000000010000000000000034
-rw-------  1 postgres postgres 16777216 Apr 16 17:55 000000010000000000000035
…
-rw-------  1 postgres postgres 16777216 Apr 16 17:55 000000010000000000000054
-rw-------  1 postgres postgres 16777216 Apr 16 17:55 000000010000000000000055
-rw-------  1 postgres postgres 16777216 Apr 16 17:55 000000010000000000000056
-rw-------  1 postgres postgres 16777216 Apr 16 17:55 000000010000000000000057
-rw-------  1 postgres postgres 16777216 Apr 16 17:55 000000010000000000000058
-rw-------  1 postgres postgres 16777216 Apr 16 17:55 000000010000000000000059
drwx------  2 postgres postgres        6 Apr 16 15:01 archive_status

Des journaux de transactions sont écrits lors des écritures dans la base. Leur nombre varie avec l’activité récente.

Exécuter un checkpoint. Que se passe-t-il au niveau du répertoire pg_wal ?

b1=# CHECKPOINT;
CHECKPOINT

$ ls -al $PGDATA/pg_wal
total 131076
total 638984
drwx------  3 postgres postgres     4096 Apr 16 17:56 .
drwx------ 20 postgres postgres     4096 Apr 16 17:48 ..
-rw-------  1 postgres postgres 16777216 Apr 16 17:56 000000010000000000000059
-rw-------  1 postgres postgres 16777216 Apr 16 17:55 00000001000000000000005A
-rw-------  1 postgres postgres 16777216 Apr 16 17:55 00000001000000000000005B
…
-rw-------  1 postgres postgres 16777216 Apr 16 17:55 000000010000000000000079
-rw-------  1 postgres postgres 16777216 Apr 16 17:55 00000001000000000000007A
-rw-------  1 postgres postgres 16777216 Apr 16 17:55 00000001000000000000007B
-rw-------  1 postgres postgres 16777216 Apr 16 17:55 00000001000000000000007C
-rw-------  1 postgres postgres 16777216 Apr 16 17:55 00000001000000000000007D
-rw-------  1 postgres postgres 16777216 Apr 16 17:55 00000001000000000000007E
-rw-------  1 postgres postgres 16777216 Apr 16 17:55 00000001000000000000007F
drwx------  2 postgres postgres        6 Apr 16 15:01 archive_status

Le nombre de journaux n’a pas forcément décru, mais le dernier journal d’avant le checkpoint est à présent le plus ancien (selon l’ordre des noms des journaux).

Ici, il n’y a ni PITR ni archivage. Les anciens journaux sont donc totalement inutiles et sont donc recyclés : renommés, il sont prêts à être remplis à nouveau. Noter que leur date de création n’a pas été mise à jour !

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